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TRAS技能初次展现大蒜鳞茎瓣形性状调控网络

作者:刘头明   文章泉源:有什么好要领赢利   颁发工夫:2018-08-22    点击量:
   克日,有什么好要领赢利麻类研讨所(有什么好要领赢利南边经济作物研讨中央)团结相干企业配合开辟了一个以转录组为参考序列的联系关系研讨剖析要领(Transcriptome-referenced association study,TRAS),并基于此要领初次展现了大蒜鳞茎瓣形性状的调控网络,同时,TRAS技能也为别的无参考基因组物种的性状剖析提供了新要领。相干研讨结果在线颁发《脱氧核糖核酸研讨(DNA Research)》上。

  种植种大蒜一样平常不育,难以构建遗传剖析群体,并且大蒜基因组巨大,招致大蒜农艺性状遗传和分子底子险些未知。新一代测序技能(NGS)联合全基因组联系关系研讨剖析(GWAS)计谋固然已被遍及用于作物农艺性状的遗传底子剖析,条件条件是物种需具有参考基因组,无参考序列的简化基因组测序联合GWAS剖析无法得到目的性状候选基因,这极大限定GWAS技能在无参考基因组物种中的使用。为此,麻类所开辟了TRAS技能,其剖析步调因此全长转录组为参考序列展开群体单核苷酸多态性(SNP)标志基因型判定及群体中基因表达(GE)定量;SNP标志联合性状展开全基因组联系关系剖析,从而确定联系关系的转录本;联系关系转录本的GE与性状展开皮尔逊相干性剖析,确定在DNA序列和基因表达上与性状相干联的候选基因;表达数目性状位点(eQTL)剖析确定候选基因间的互作干系。

  为验证TRAS的可行性,该研讨团队使用此要领剖析了大蒜鳞茎瓣形性状的遗传底子。使用102个大蒜中央种类,共鸣别36个在DNA序列上与大蒜瓣形性状相干联的转录本,此中22个转录本的GE值也与性状相干联。因而,这22个转录本被确定为瓣形性状候选基因。eQTL剖析发明,在这22个候选基因中,13个基因存在互作,且互作基因的GE值也呈明显相干。基于这13个基因的互作干系,他们乐成构建了大蒜瓣形性状调控网络。大蒜鳞茎瓣形性状遗传布局的初次剖析,将不但有助于推进大蒜农艺性状遗传和育种研讨,也为剖析大蒜鳞茎器官的构成机制及性状的改进奠基了底子。

  该研讨失掉有什么好要领赢利网上赢利要领创新工程的支持。

  原文链接:academic.oup.com/dnaresearch/advance-article/doi/10.1093/dnares/dsy027/5066954